La chiesa originaria, risalente all’età medioevale, sotto la gestione dei monaci celestini dell’ordine di Celestino V, venne definitivamente demolita per far spazio ad una più grande struttura nel 1400, ad opera dei frati francescani. Questi, col diffondersi della notizia che la chiesa conteneva la memoria di Pietro, percepirono la necessità di un rinnovamento immediato. Infatti la chiesa sorge sul luogo dove, secondo una delle tradizioni, l’apostolo Pietro fu crocifisso. La nuova struttura fu finanziata dai reali di Spagna Ferdinando V e Isabella di Castiglia, in adempimento di un voto fatto per ottenere un erede, tra il 1481 e il 1500. E tra il 1502 e il 1509, il famoso architetto Donato Bramante ebbe l’occasione di realizzare un maestoso tempietto alla destra della chiesa, proprio sul luogo dove la tradizione vuole che fosse stato crocifisso a testa in giù san Pietro.
La iglesia original, que se remonta a la Edad Media bajo la dirección de los monjes celestinos de la orden de Celestino V, fue finalmente demolida para dar paso a una estructura más grande en 1400 por obra de los frailes franciscanos. Estos, cuando se difundió la noticia de que la iglesia contenía la memoria de Pedro, se dieron cuenta de que se necesitaba una renovación inmediata. De hecho, la iglesia se alza sobre el lugar donde, según una de las tradiciones, el apóstol Pedro fue crucificado. La nueva estructura fue financiada por los reyes de España Fernando V e Isabel de Castilla, para cumplir con un voto realizado para obtener un heredero, entre 1481 y 1500. Y entre 1502 y 1509 el famoso arquitecto Donato Bramante tuvo la oportunidad de hacer un majestuoso templo a la derecha de la iglesia, justo sobre el lugar donde la leyenda cuenta que san Pedro había sido crucificado boca abajo.