La basilica si trova nei pressi della Stazione Termini. Qui nell’antichità sorgevano due complessi monumentali: il Castro Pretorio, caserma delle guardie imperiali, e le Terme di Diocleziano, da cui deriva il nome della stazione. Nel 1863, anno di inaugurazione della stazione provvisoria, Papa Pio IX diede avvio alla costruzione di una chiesa dedicata al Sacro Cuore di Gesù. Questo avvenne in un momento di diffusa devozione al Sacro Cuore, soprattutto in Francia, Lussemburgo e Italia, grazie all’impegno del sacerdote barnabita Antonio Maresca. Anche nella città di Lussemburgo, ad esempio, ancora oggi vicino la Stazione Centrale si trova una chiesa dedicata al Sacro Cuore di Gesù. Per mancanza di fondi la costruzione si fermò fino al 1880, quando Papa Leone XIII affidò il progetto a don Giovanni Bosco che lo ampliò e incluse un ospizio dove sarebbe stato possibile ospitare i più bisognosi. Il 14 maggio 1887, finalmente, dopo numerosissime difficoltà e fondi mancanti, la chiesa venne solennemente consacrata. Il 16 maggio 1887 don Bosco celebrò la sua unica messa all’interno di questa chiesa. Una targa all'interno ricorda che la messa fu interrotta dai singhiozzi del sacerdote, scosso dalla visione del sogno fatto all'età di 9 anni, il cui significato gli veniva ora svelato, così come quello della sua missione. Oggi questo luogo ospita la Congregazione Salesiana.
À l’endroit où se trouve aujourd'hui la basilique, existait dans l'Antiquité, deux complexes monumentaux de l'époque impériale : le Castro Pretorio, caserne des gardes impériaux et les Thermes de Dioclétien. En 1863, le pape Pie IX inaugura la construction d'un nouveau chemin de fer dans cette zone, qui prendra le nom de gare Termini en raison de sa proximité avec les thermes de Dioclétien, et dans la même période il commencera la construction d'un temple dédié au Sacré-Cœur de Jésus, suite au fort mouvement rependu surtout en France, au Luxembourg et en Italie grâce à l'impulsion du Père Barnabite Antonio Maresca. Même au Luxembourg, il y a encore aujourd’hui une église dédiée au Sacré-Cœur de Jésus près de la gare centrale. Faute de moyens financiers, la construction s'arrêta aussitôt, jusqu'en 1880, lorsque le pape Léon XIII confia le projet à Don Jean Bosco qui l'agrandit en y ajoutant un hospice où il serait possible d'héberger les plus nécessiteux. Finalement, le 14 mai 1887, après de nombreuses difficultés et limitations économiques, l'église est solennellement consacrée. Le 16 mai 1887, Don Bosco célébra son unique messe dans cette église. Une plaque à l’intérieur, rappelle qu’elle a été interrompue par les sanglots du prêtre, secoué par la vision du rêve qu’il fit à l’âge de 9 ans, dont le sens lui était à présent révélé ainsi que celui de sa mission. Ce lieu abrite aujourd'hui la Congrégation Salésienne.
