I lavori per la sua realizzazione iniziarono nel 1551 per volontà di Ignazio di Loyola, fondatore della Compagnia di Gesù, molto attivo durante la riforma protestante. Questa chiesa è molto legata alla comunità lituana, soprattutto per la presenza al suo interno della tomba di Jerzy Radziwiłł (1556–1600), che fu nella storia il primo cardinale della Lituania: consacrato vescovo a soli ventisette anni, fu elevato al rango di cardinale tre anni dopo, nel 1586. La struttura architettonica segnò, inoltre, una svolta nella storia dell’arte. È costruita infatti nello spirito dei decreti del Concilio di Trento, durante la controriforma. Il progetto prevedeva un’unica navata, per focalizzare l’attenzione dei fedeli sull’altare e sull’oratore. Un modello che, in seguito, verrà utilizzato anche per i vari edifici religiosi eretti dalla Compagnia di Gesù in tutto il mondo.
Bažnyčios statyba prasidėjo 1551 metais. Jos sumanytojas, Jėzaus draugijos įkūrėjas Ignacijus Lojola buvo ypač aktyvus protestantų reformacijos laikotarpiu. Bažnyčia glaudžiai susijusi su lietuvių bendruomene pirmiausia dėl to, kad čia palaidotas pirmasis Lietuvos kardinolas Jurgis Radvila (1556–1600): vos 27 metų įšventintas į vyskupus, kardinolu ji tapo dar po trejų metų, 1586-aisiais. Šios bažnyčios architektūra žymėjo posūkį meno raidos požiūriu, nes buvo statoma kontrreformacijos metais, laikantis Tridento susirinkimo nuostatų ir dvasios. Projekte buvo numatyta viena vienintelė nava, kad tikinčiųjų dėmesys kryptų tik į altorių ir pamokslininką. Tokį patį išplanavimą Jėzaus draugija vėliau taikė ir kitiems maldos namams, kuriuos statė visame pasaulyje.
